Sathonay restera tout le XVIème siècle sous la domination savoyarde, à l'exception de la période française 1536 ( annexion par François Ier) - 1559 (restitution à Emmanuel-Philibert).
Le roi FRANÇOIS Ier mit la main sur la souveraineté des DOMBES. Le 17 septembre 1523, Pierre de la GUICHE, bailli de MACON, vint
prendre possession, au nom du roi de FRANCE.
Un article du traité de MADRID, en 1526, stipule que le roi doit restituer au connétable
de BOURBON tous ses biens et particulièrement la DOMBES, qualifiée hors du pays, sujétion et juridiction de France.
Le 6 novembre 1523, FRANÇOIS Ier créa le parlement des DOMBES où étaient jugés en dernier et souverain ressort, les appels des juges des DOMBES. Les arrêts rendus par ce parlement étaient prononcés à TRÉVOUX par le Gouverneur. Le parlement des DOMBES fut installé à LYON, faute de logement convenable à TRÉVOUX.
En 1543, pour bien marquer que la DOMBES était hors du royaume, le roi la sépara, au point de vue administratif, du BEAUJOLAIS. Le 27 novembre 1560, le roi remit la souveraineté des DOMBES à LOUIS DE BOURBON pour que le DUC de MONTPENSIER et ses successeurs jouissent à l'avenir, pour regard sur le pays des DOMBES, de tous droits de souveraineté, prérogation, prééminences, exemptions, immunités, franchises et libertés, avec pouvoir au DUC de MONTPENSIER de retirer toutes les terres engagées. Cette transaction fut enregistrée le 25 juin 1561 au parlement de PARIS.